제약사업 특히 신약에 있어 그 가치는 특허와 밀접히 연계되어 있다. 여기서 특허제도가 존재하는 기본적인 목적을 다시 한번 생각해 볼 필요가 있다. 특허는 혁신적 아이디어를 일반에 공개하는 것을 장려하여 사회적으로 혁신을 보다 촉진하기 위함을 그 기본적인 목적으로 한다. 그리고 아이디어 공개를 장려하기 위하여 특허를 최초로 출원한 자 (선발명주의를 채택하고 있는 미국의 경우는 발명을 최초로 고안한 자) 에게 일정기간 특허에 배태된 아이디어에 대한 사업의 독점권을 부여하고 있다.
경제학을 공부한 사람은 알겠지만, 독점은 자유경쟁에서 얻을 수 있는 사회 전체적 후생을 왜곡하는 경향이 있고 따라서 세계 대부분의 나라에서는 불공정한 독점을 규제하기 위한 기관 혹은 제도를 유지하고 있다 (우리나라의 경우는 공정거래위원회가 그 기능을 맡고 있다). 특허에 의한 독점은 예외적인 경우로 오로지 혁신적 아이디어 공개를 통하여 사회가 얻는 후생이 독점에 의해 왜곡되는 후생보다 크다는 가정이 성립하는 경우에만 그 가치가 유지될 수 있다.
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